主要負責執行微菌叢相關之基礎及臨床研究,包含微生物形態觀察、培養、菌種分離、生理生化鑒定,另外,亦包含動物實驗及人體試驗等web lab及微生物多樣性之定性定量及微菌巨量資料處理等生醫dry lab研究方法。微菌叢研究團隊視研究主題需要,組成包含臨床研究、動物與細胞實驗研究、分子生物研究、微生物實驗與微菌培養研究、生資分析研究等專家團隊,團隊成員包括本校醫學院、生命科學學院、理學院等系所專家,以及陽大附醫、臺北榮總、台中榮總等臨床單位的研究團隊共同組成。
微菌叢研究團隊,近五年發表多篇論文於國際頂尖期刊,包括:GUT(2020)、GUT(2021)、JAAD(2021)、AAAI(2022)等雜誌,吳俊穎講座教授也獲得Springer Nature出版商邀請撰寫Microbiome in Liver Cancer教科書專章。