研究重點
研究微菌叢對於消化系癌症、代謝症候群、罕見代謝異常疾病之角色，以及其致病機轉，並發展以微菌叢為核心的生物標記及介入策略。
以微菌叢為核心，研究上述疾病及其亞健康族群之多體學及表型組學，並建立其數位分身，以進行疾病的預測及預防。
以上述研究來發展精準健康的產、學、研之研發生態鏈，拓展從基礎到臨床、實驗室到病房照護、醫院到社區的產學創新研發價值。
近期論文發表
| 發表日期 | 作者 | 論文名稱 | 摘要 | 期刊名稱 | SCI Impact Factor |
|---|---|---|---|---|---|
| 2026年4月17日 | 吳俊穎老師等 | Rapid electrochemical profiling of fecal short chain acids using esterification/dissociation fingerprints and artificial neural networks | 本研究開發了一種快速又便宜的方法，可以檢測人體糞便中的短鏈脂肪酸（SCFAs），並結合人工智慧提高分析準確度。研究發現，這套方法即使面對複雜的糞便樣本，也能準確測量丙酸、丁酸等重要代謝物，結果與傳統 GC–MS 檢測幾乎一致。由於檢測速度快、設備成本較低，未來有機會應用於大量健康篩檢與長期腸道健康監測。 | Biosensors | 5.6 |
| 2026年4月6日 | 吳俊穎老師等 | Objective and subjective assessments of the response of photobiomodulation therapy against alopecia areata | 光生物調節治療（PBMT）可能是一種具潛力的非侵入性治療方式，可用於治療圓禿（AA），且不會產生全身性或局部副作用。 | Derm Ther | 3.4 |
| 2026年3月24日 | 吳莉玲老師等 | Nfil3 integrates circadian rhythm and microbial metabolite signaling to maintain gut-liver immune-metabolic homeostasis under high-fat diet stress | 這些結果支持Nfil3作為一個關鍵調控節點，連結腸道菌相功能潛力與代謝相關脂肪性肝病（MASLD）中的免疫與代謝反應。儘管目前仍屬前臨床研究，本研究提供了一個機制性架構，說明腸道微生物相關的代謝重編程如何影響宿主的免疫與代謝恆定。未來仍需結合晝夜節律與代謝物層級的研究，以及人體介入試驗驗證，以釐清菌相–Nfil3軸在臨床上的實際意義。 | J Transl Med | 7.5 |
| 2026年3月18日 | 張婷婷老師等 | CCL7 suppression alleviates vascular injury by blocking the CCR5/STAT1 signaling pathway in chronic kidney disease | 本研究探討慢性腎臟病中，發炎趨化因子CCL7在周邊動脈疾病發展中的角色，發現CKD小鼠血中CCL7濃度上升，並伴隨缺血肢體血流下降與傷口癒合延遲。抑制或剔除CCL7可促進新生血管生成、增加毛細血管密度並改善血流與組織修復，顯示其對血管再生具有負向調控作用。進一步機制研究指出，CCL7透過調控CCR5/STAT訊號途徑影響內皮細胞功能，因此可能成為CKD相關血管併發症的重要治療標靶。 | Life Sciences | 5.1 |
| 2026年3月17日 | 楊毅輝與吳俊穎老師等 | Assessing Major Adverse Liver Outcomes With Baclofen Compared to Acamprosate in Compensated Alcohol-Associated Cirrhosis | 在這項大型真實世界研究中，於代償期酒精相關肝硬化患者中，使用Baclofen相較於Acamprosate，與較高的肝性腦病變風險相關。 | Aliment Pharmacol Ther | 6.7 |
| 2026年3月14日 | 林騰立同學與吳俊穎老師等 | Real-World Safety of JAK Inhibitors in Skin Immune-Mediated Inflammatory Diseases: Boxed Warning Outcomes from a Multinational Cohort Study | 整體結果顯示，對於免疫介導發炎性疾病（IMIDs）患者，JAKis在安全性方面可與傳統治療相比，未呈現較高風險。 | Clin Pharmacol Ther | 5.5 |
| 2026年3月 | 吳俊穎老師等 | Validated nationwide scoring system for hepatocellular carcinoma risk in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease | CAMD分數是一種易於計算的工具，可用於促進肝細胞癌在代謝相關脂肪性肝病（MASLD）患者中的大規模監測。 | Liver International | 5.2 |
| 2026年2月25日 | 吳莉玲老師等 | Comparative analysis of renal dysfunction, immune remodeling, and gut microbiota profiles in dietary models of metabolic liver disease | 研究顯示HFD與CDAHFD皆會導致脂肪肝與全身代謝異常，但CDAHFD引發更嚴重的肝臟發炎、膠原沉積及腎功能損傷，而HFD則呈現較緩慢的高血糖、血脂異常與腎小球肥大。在免疫細胞組成上，HFD偏向巨噬細胞主導，而CDAHFD則增加發炎性單核球、樹突細胞與T細胞，顯示不同飲食對腎臟免疫反應具有特異性影響。 腸道菌相方面，HFD與choline-deficient, amino acid-defined high-fat diet呈現不同菌群特徵，且CDAHFD伴隨菌相多樣性顯著下降，顯示其對腸道微生物生態衝擊較大。 | BMC Nephrology | 2.4 |
| 2026年2月4日 | 陳怡如主任與吳俊穎老師等 | Akkermansia Muciniphila Ameliorates Imiquimod-Induced Skin Thickening, Colitis, and Gut Microbiota Alterations: A Metagenome Association Study | 研究發現，乾癬與乾癬性關節炎患者腸道中Akkermansia muciniphila（Akk）含量下降，而補充巴氏滅活Akk（pAkk）在IMQ誘導小鼠模型中可改善皮膚增厚、體重下降、脾臟腫大及發炎反應（如TNF-α與IL-17A）。pAkk同時可緩解DSS誘導之腸炎，並提升腸道菌相多樣性，改變菌群組成，並與GABA代謝、膽鹼能突觸及MAPK等路徑相關。整體而言，pAkk可能透過調控腸道菌相與代謝途徑、降低發炎反應，進而改善皮膚與腸道發炎狀態。 | Inflammation | 5 |
| 2026年2月3日 | 高正彥老師等 | A combined genetic and phenotypic marker approach enables precise detection of hypervirulent Klebsiella pneumoniae and reveals associated traits of capsule overproduction and tellurite resistance | 本研究整合基因與表型分析，比較碳青黴烯抗藥性與肝膿瘍相關之Klebsiella pneumoniae菌株，發現五個毒力基因（peg-344、iroB、iucA、prmpA、prmpA2）結合string test可有效鑑定高毒力菌株（hvKp）。結果顯示，帶有五個基因的菌株無論string test是否陽性，皆具有較高毒力與莢膜產量，其中LAKp組別的致死性與莢膜生成最為顯著，而缺乏這些基因的CRcKp則表現最低毒力。長期監測亦發現血液分離株中攜帶五項毒力標記的比例高於尿液分離株，顯示這些生物標記有助於提升hvKp的臨床檢測與風險評估。 | Microbiol Spectr | 3.8 |
| 2026年2月 | 高正彥老師等 | Genotypes, antibiotic resistance, and virulence diversity among Klebsiella pneumoniae species complex isolates in Taiwan | 在台灣，Klebsiella pneumoniae、Klebsiella quasipneumoniae與Klebsiella variicola展現出不同的基因型與表型特徵。其中K. quasipneumoniae與K. variicola在幼蟲感染模型中造成較高死亡率，顯示其潛在致病力不容忽視。因此，持續監測這些菌種的傳播與流行情形具有重要意義。 | Gut Pathogens | 4 |
| 2026年2月 | 吳莉玲老師等 | Cumulative defined daily doses Enables Objective Assessment of Treatment Intensity and Outcome Prediction in IgG4-RD and Its subtypes | 不同的增生型與纖維化型表現具有差異性的風險與治療反應。透過定量評估cDDD（累積定義日劑量）可客觀反映治療強度並預測臨床結果。此方法有助於推動IgG4相關疾病的分期導向與精準治療策略。 | Rheumatology | 4.4 |
| 2026年1月20日 | 吳俊穎老師等 | Unbiased clustering of acute-on-chronic liver failure patients using machine learning in a real-world ICU cohort. | 本研究針對 1,256 名急性慢性肝衰竭（ACLF）患者進行無監督分群分析，成功辨識出兩個臨床特徵與預後顯著不同的族群，且 30 天死亡率差異明顯（70.35% vs 26.06%）。最佳模型採用非負矩陣分解（Lee’s algorithm），並以 PAM 分群方法決定群數，顯示酸鹼平衡相關指標（如 bicarbonate、pH、lactate 等）為關鍵分群因子。外部驗證（包含失代償性肝硬化與歐洲隊列）結果一致，支持此分群方法的穩定性，並強調代謝調控在 ACLF 預後中的重要角色。 | Nature Communication | 15.7 |
| 2026年1月19日 | 高正彥老師等 | Emergence of conjugative metallo-β-lactamase-encoding plasmids in the Klebsiella pneumoniae species complex: First identification of IMP-8-MCR-9.1 in K. quasipneumoniae and VIM-1 in K. variicola in Taiwan | 在 CRKpSC 分離株中，blaKPC 最常見（20.1%），其次為 blaOXA-48（3.4%），而 blaIMP、blaNDM、blaVIM 均相當罕見（≤1%），且僅極少數菌株同時帶有多種基因。僅有少數 Kq 與 Kv 菌株攜帶金屬β-內醯胺酶基因，其中 pNCKUH114–1 質體帶有 blaIMP-8 與 mcr-9.1，pNTUH73–1 則帶有 blaVIM-1，且與資料庫中已知質體相似度有限。這兩種質體僅能轉移至 E. coli EC359，且在實驗條件下並未增加其對幼蟲的致病力。 | Journal of Infection and Public Health | 4 |
| 2026年1月12日 | 楊毅輝與吳俊穎老師等 | Dynamic FIB-4 score changes and HCC risk in patients with MASLD and elevated liver enzymes: a nationwide cohort study. | 隨時間變化的 FIB-4 分數較單次測量具有更佳的肝癌（HCC）預測能力。持續高 FIB-4（high-to-high）族群的 HCC 風險最高，約為穩定低值（low-to-low）的 14 倍，而分數改善者（high-to-low、high-to-indeterminate）風險則明顯降低。FIB-4 惡化（low-to-indeterminate、low-to-high）與逐步上升的 HCC 風險相關，但相較於持續高值族群，分數改善者仍呈現顯著較低的風險。 | Liver Cancer | 9.1 |
| 2025年12月(accepted) | 張婷婷副教授等 | Sodium nitroprusside improves ischemia-induced neovascularization via the HO-1/NOX and AKT/eNOS signaling pathways in chronic kidney disease. | 研究顯示，慢性腎臟病中常見的尿毒素（如 ADMA、IS）會造成氧化壓力上升與一氧化氮生成下降，進而導致血管內皮損傷與周邊動脈疾病惡化。 在 CKD 小鼠的缺血模型中，硝普鈉（SNP）能提升促血管新生因子、改善血流恢復、增加毛細血管密度，並調節缺血組織的炎症與血管新生相關蛋白。 SNP 在體外亦能改善受 ADMA 或 IS 刺激的內皮細胞功能，透過 HO-1/NOX 與 AKT/eNOS 路徑降低氧化壓力並促進血管新生，顯示其可能成為 CKD 伴隨血管併發症的潛在治療策略。 | Life Sciences | 5.1 |
| 2025年11月(accepted) | 吳俊穎教授與郭正浩同學等人 | Increased risk of antimicrobial resistance in patients with cirrhosis and hepatic encephalopathy using rifaximin | 本篇研究在評估Rifaximin在肝硬化合併肝性腦病患者中的使用是否增加抗生素抗藥性風險，研究結果發現，Rifaximin與敗血症、自發性細菌性腹膜炎及需使用最後線抗生素的風險增加相關。 | Nature Communication | 15.7 |
| 2025年10月17日 | 吳俊穎教授與林騰立同學等人 | Psoriatic arthritis risk in psoriasis patients receiving anti-IL-23 vs anti-IL-17: comparison of drug classes and individual agents | 本研究比較乾癬患者使用 IL-23 抑制劑與 IL-17 抑制劑後發展乾癬性關節炎的風險差異。在 1:1 配對後的 5,490 名患者中，IL-23 抑制劑使用者的 5 年乾癬性關節炎累積發生率明顯較低（11.68% vs 19.94%），風險比為 0.475。多項子族群與個別藥物比較均呈現相同趨勢，顯示 IL-23 抑制劑相較於 IL-17 抑制劑更能降低乾癬患者後續發展關節炎的風險。 | Rheumatology | 4.4 |