國立陽明交通大學(以下簡稱本院)醫學院「微菌叢研究中心」(以下簡稱本中心)設立宗旨為建置國際級微菌研究中心，提升國內微菌研究水準，鏈結微菌產官學研轉譯加值應用，促進微菌研究成果之臨床轉譯與生醫科技之應用發展。
人體內外分布著眾多微生物菌叢，在不同的部位，包含了消化道、皮膚、生殖道、眼睛、耳道、鼻腔及口腔等，共生著多個組成相異的微菌生態系統。其中以腸道中生長的菌叢數量為最多，共生著多達一百兆的細菌，其包含的基因數量亦為人體基因的數十倍；這些腸道菌叢若是出現生態失衡時，往往會影響腸道的功能及恆定、加重細菌易位，進而促發許多疾病的產生或惡化，亦可能影響預後。近年來，因次世代定序等實驗技術的長足發展，人體菌相的多樣性、變異性及功能性等都得到廣泛的研究。其中佔人體微菌數量最多的腸道又被稱為人體內的第二個大腦，許多疾病亦被發現可能與腸道菌相的失調 (dysbiosis) 有極大的關係，包含了自體免疫疾病、過敏、腸躁症 (IBS)、發炎性腸道疾病 (IBD)、肥胖症、神經精神異常、代謝性疾病及癌症等。腸道裡的神經細胞除了負責調節消化外，還透過迷走神經與大腦溝通，影響人的情緒。其他探討微菌與腫瘤的相關研究，如口腔微菌失調對頭頸部甚至其他遠端器官的腫瘤影響等，亦反應出近年來有關人體器官間交互作用的腸腦軸線、腸肺軸線、腸肝軸線、腸皮軸線等領域研究之蓬勃發展，更突顯出跨領域的微菌研究合作之勢在必行。
中心目標：
整合校內既有微菌相關研究量能，建置微菌產學研合作平台，鏈結本校既有研究中心包括基因體中心、腫瘤惡化卓越研究中心、腦科學中心、高齡與健康研究中心合作網絡，培養跨領域攻堅微菌研究團隊，成為亞太區域微菌研究領先指標。
近、中及長程規劃
近期規劃
- 組成跨領域研究團隊：本中心將就臨床醫學、動物與細胞模式實驗、分子生物實驗、微生物實驗與微菌培養、生資分析以及建置微菌庫等研究領域，持續延攬相關領域校內及校外合作人才，形成主題研究群，同時並邀請產業專業人士參與產學研究合作，擴大研究量能。
- 積極爭取研究經費：本中心對內將積極參與爭取醫學院整合型研究團隊育成計畫或擴展子計畫，以能逐步培育整合型微菌研究團隊，由跨領域實作研究中，整合本校既有研究能量，作為爭取國家級整合型計畫的準備。對外爭取穩定之研究經費補助，包含科技部微菌叢中綱計畫、科技部生技醫藥核心設施平台計畫、經濟部產學研價值創造計畫、衛生福利部與國健署等精準醫療與健康大數據相關大型計畫案，並致力與生醫產業的產學合作計畫。
- 舉辦微菌相關研討會、工作坊：中心預計每年舉辦一場大型微菌相關國際研討會，一場技術相關研討會，及不定期小型工作坊數場次，以提供國內微菌專業領域學術研究合作交流之機會。
中、長期規劃
- 產品開發：中心將協助研究人員技轉研究成果、申請專利，開發具市場推展的微菌相關服務或產品，由中心研究平台協助專利的申請與驗證。
- 產學合作：將積極爭取與民間公司與機構的產學合作，鼓勵研究人員專利進行技轉共同開發產品。
- 國際交流：將邀請國際知名專家學者擔任委員。定期舉辦微菌相關國際研討會，促進與他國交流。